申請馬德里商標注冊時有很多優勢，但也有一些不好的地方，比如申請馬德里商標注冊必須以國內商標注冊為基礎，也就是說在國內必須有已經注冊的商標或者初步公告的商標才可以申請馬德里商標注冊，除此外，申請馬德里商標注冊有沒有不好的地方呢？

馬德里商標沒有統一的注冊證申請人只有通過計算駁回期限的方式來推斷自己的商標是否被相關締約方的主管機關核準，因為國際局在收到國際注冊申請后會頒發一張國際注冊證，但其效力僅類似于國內的受理通知書。

還有一個原則是“中心打擊”，意思是通過商標馬德里國際注冊程序注冊的商標，如果在注冊之日起5年之內，基礎注冊或申請全部或部分被駁回、撤回、注銷、撤消、放棄或宣布無效，那么其效力及于所有指定國，即該商標不得再要求國際注冊給予的保護，而不管該商標的國際注冊是否已經被轉讓，好在通過《馬德里議定書》進行的國際注冊，可以自該商標被撤消之日起三月內，向所指定的議定書成員國商標主管機關提交一份申請，并按照各成員國的規定繳納一定的費用，將該商標的國際注冊轉換為在該國家的國家注冊。

馬德里商標注冊還缺少后續程序，對于在各締約方被駁回或被異議的國際注冊申請，國際局不負責轉交申請人需要向締約方提交的復審或答辯書件，只能由申請人委托該締約方認可的代理機構遞交，截至目前馬德里體系的締約方有94個，在很多情況下國內申請人不得不同時選擇通過馬德里體系和逐一國家申請兩種途徑來申請商標。

除此外還無法享受到《巴黎公約》規定的優先權，因為馬德里協定要求以基礎注冊為前提，而要完成基礎注冊，一般都需要一年以上的時間，超出六個月的優先權期限了，商標國際注冊馬德里協定有利有弊，商標申請人要有清醒的認識，根據具體情況決定是否使用商標國際注冊馬德里體系。

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